日本战国时代初三女生日暮戈薇偶然通过自家神社的食骨之井穿越时空来到500年前的日本战国时代妖怪与人的混血半妖——犬夜叉，为寻找散落于各处的四魂之玉碎片而展开的冒险之旅。因为自己身体里的四魂之玉，被妖怪百足妖妇强行拉入食骨之井中，跌入犬夜叉被封印后50年的战国时代，与被封印在御神木上的犬夜叉邂逅，并在迫不得已的情况下解开了少年的封印。在随后与妖怪的战斗中戈薇的箭射中了四魂之玉使之散落成碎片。一心想变成大妖怪的犬夜叉无奈之下跟能看见四魂之玉的戈薇，不得不陪伴着戈薇去寻找四处飘落的碎片，寻找四魂碎片的旅程就此开始了！